Pokemon нд та Moon починається з кінематографічного зображення персонажа на ім'я Ліллі та її покемона, космога на прізвисько Неббі. Вона намагається втекти від охоронців, і Покемон використовує яскравий спалах, створюючи своєрідний вибух, ховаючись у її сумці. Гра переходить до персонажа-гравця, який прибуває в Алолу на острові Мелемеле, де вони знайомляться з професором Кукуї та його молодим приятелем Хау.

Персонаж-гравець зустрічається з Ліллі, чий Космог атакують на мосту. Гравцеві вдається врятувати Космога, але міст ламається, і на допомогу приходить легендарний покемон на ім’я Тапу Коко. Це ставить гравця-персонажа на долю, вимощену величчю, і йому дають одного з трьох початкових покемонів разом із завданням пройти сім випробувань на чотирьох островах Алола, включаючи Мелемеле, Акала, Поні та Ула'Ула. .

Протягом усієї подорожі гравець-персонаж буде взаємодіяти з Хау та Ліллі, а також битися з різними головорізами та злодіями на шляху з Команди Черепа. Під час подорожей персонаж-гравець починає розуміти таємниці Алоли, а також те, як замість традиційних боїв у спортзалі він має сім випробувань на чотирьох островах. Той, хто пройшов усі випробування, перемігши тотемного покемона після того, як його викликав, потім повинен буде зіткнутися з елітною четвіркою, щоб спробувати свої сили в тому, щоб стати тренером великого майстра покемонів Алоли. Персонаж-гравець отримає кристали Z-Power від тренерів, щоб вирости достатньо сильним, щоб битися з тотемним покемоном і, можливо, навіть зіткнутися з охоронцем острова Тапу Коко.

Дорогою з’ясовується, що Ліллі залишиться з професором Кукуї, доки вона не встане на ноги. І її, і Космога знайшли на пляжі Алола непритомними, і Професор із дружиною взяли Ліллі та Космога, щоб вилікувати їх.

Ліллі має намір допомогти Космогу повернутися додому. Це приводить її, персонажа-гравця та Хау на таємний острів між чотирма великими островами під назвою Ефірний Рай, де з’ясовується, що існують особливі покемони, відомі як Ультразвірі з альтернативних вимірів. Дослідницька установа вивчає цих звірів і портали, які ведуть до них, щоб краще зрозуміти Ультра-звірів.

Коли вони зрештою потрапляють на острів Ула'Ула, вони дізнаються, що Солгалео та Лунала жорстоко билися за острови Алола після того, як Солгалео тероризував людей. Лунала прийшла на допомогу, і зрештою у них з'явився спадкоємець у вигляді Космога.

Лідер команди «Череп» Гузма намагається перешкодити спробам Кукуї побудувати Лігу Покемонів на Алолі, але Професор використовує персонажа-гравця, щоб битися з Гузмою та принизити його перед друзями. Після бою Гладіон, емо-учасник Команди Черепа, попереджає Хау та персонажа-гравця, що їм потрібно захистити Космог від Команди Черепа та інших, які намагаються захопити його, оскільки він має здатність викликати легендарних монстрів. Це змушує персонажа-гравця вести бій на базі Team Skull, щоб знищити їх раз і назавжди.

Однак, поки персонаж-гравець бореться з Командою Черепа на їхній домашній базі, інший член на ім’я Плюмерія захоплює Ліллі та Космога. Гладіон веде групу до Ефірного раю, щоб врятувати Ліллі та Космога.

Вони дізнаються, що Космог нібито є Ультразвіром з іншого виміру під назвою Ультрапростір і що під примусом Космог може відкрити Ультрачервоточини для нових вимірів. Ефірний Рай намагається розірвати Космог, щоб використати його для відкриття вимірів для власної вигоди.

Персонаж-гравець і Хау нарешті потрапляють до головного офісу, де вони виявляють, що Ліллі є дочкою Лузамін, голови Ефірного раю. Ліллі намагалася врятувати Космог із центру після того, як він був захоплений під час метеорного шторму однієї ночі.

Лузамін розповідає, що Гладіон — її син, а Ліллі — брат Гладіона. Вона планує використати Cosmog, щоб відкрити Ultra Wormhole і впустити Ultra Beast у світ і завдати хаосу Алолі. Вона планує дозволити Космогу померти в процесі.

Під час випробувань на острові Поні гравець-персонаж і Ліллі в кінцевому підсумку вибираються на вершину святині, де вони використовують сонячну та місячну флейти, щоб викликати великого легендарного покемона. Космог виходить із рюкзака Ліллі та перетворюється або на Солгалео, або на Луналу.

Неббі, нині легендарний покемон, бере персонажа-гравця та Ліллі в Ультрапростір, щоб знайти її матір, яка зрештою телепортувалася до шару Ультра Звірів під час відкриття червоточини.

Зрештою вони знаходять Лузамін, яка зливається з Ніхілего, щоб стати босом ультра-щупальців, але, на щастя, вона не намагається зґвалтувати свою дочку.

Після перемоги над останньою формою Лузамін вони виходять з Ультра-простору та закривають Ультра-червоточини, рятуючи Алолу від повного знищення. У гравця-персонажа є можливість битися з Неббі і стати його сутенером. Після боротьби з Ультразвірами, захоплення Неббі та підкорення Лузамін, шлях до того, щоб стати Великим Чемпіоном, продовжується.

Останній виклик в Pokemon нд та  Moon події відбуваються на горі Ланакіла, де Великий Чемпіон коронується після перемоги над Елітною четвіркою, яка складається з попередніх випробувань, таких як Олівія, Асероял, Кахілія та Хула. У фінальній битві Алола стане першим в історії Гранд-чемпіоном Ліги покемонів і спробує отримати визнання регіону, щоб згодом вони могли стати чемпіоном світу з Pokemon. У цьому останньому бою гравці б’ються з професором Кукуї в повній бійці, щоб стати першим в історії великим чемпіоном Алоли.

Після цього вони влаштовують велике свято, але Ліллі та персонаж-гравець пробираються до святині, куди вона спочатку прямувала на початку гри з Неббі. Вони йдуть до святилища, щоб знайти Тапу Коко, вступаючи в останню битву з великим охоронцем островів Алола. Гравці мають можливість успішно захопити покемона.

Зрештою Ліллі вирішує піти, щоб подбати про свою прикуту до ліжка матір Лузамін. Гау обіцяє написати їй, і герой-гравець повертається додому до своєї матері, коли надходять титри.